2013年，我院消化科“治疗脾虚气滞证功能性消化不良的药物组合物及制法”（发明）专利，通过与企业对接的途径，经协议定价，将其转让于南京海思创新生物科技有限公司，一次性转让金额50万元。

2017年1月，我院陈彤云牌“洋参靓肤系列”、“金花清爽系列”产品正式上市。

据2018年底统计，北京中医医院现拥有有效专利58项，其中已完成转化1项，其余专利均处于待转化状态。

医院的成果产出呈明显的优势学科依赖性，发明专利集中在消化、心血管、肿瘤专业，主要为“中药组合物及其制备方法”一类，实用新型专利集中在研究所和针灸专业，主要为 “医用配置品”或“实验装置”。