中医药管理局中医针灸重点专科，于2006年通过了验收并成为“十一五”重点专科强化建设单位。2007年又成为北京市中医特色诊疗中心建设项目——针灸特色诊疗中心建设单位。
    针灸科名医荟萃、流派云集，曾经聚集了众多在全国颇具影响的针灸名家,如金针王乐亭、贺惠吾、夏寿人、贺普仁、于书庄等。临床治疗各具特色，如王乐亭首创的手足十二针、督脉十三针、老十针、十二透穴等广泛流传，又有目前名老中医周德安教授的针灸补中益气方、四神方、颈四针等；在针具上有王乐亭的金针、贺惠吾的管针、贺普仁的火针；在刺法上，贺普仁的三通法、王乐亭的截法等至今仍广为应用。
    针灸科在治疗中风方面引入国际上的先进理念和手段，把传统中医针灸方法与先进现代医学方法相结合，率先建成了具有中医特色的卒中单元（stroke unit），临床规模和能力在全国针灸界位居前列，设有3个病区、98张病床，床位使用率一直超过100%，单病种费用低于北京平均水平。制定了完备的中医卒中单元的诊治规范，中风病的诊治从急诊救治到NICU监护，从针灸治疗、中药泡洗到正规的PT/OT康复训练和语言康复训练，形成了完备的治疗体系，在整体疗效上居于领先地位。
    针灸科建立了头痛、抑郁症、睡眠障碍等多个门诊专台，学术水平和临床疗效都居全国领先水平。头痛专台由科主任王麟鹏主任医师负责，他主持了有关头痛等多项重大课题，在针刺治疗头痛方面具有很深的造诣。张捷主任医师牵头的抑郁专台，结合针刺、中西药、心理疗法，经过多年的积累和沉淀，已经形成了“诊—疗—询—访”独特的医疗服务体系。日门诊量达到100人左右，已成为针灸科二级科室。朱韪主任医师的针灸减肥斐名远近、王京喜主任医师的针灸治疗痿证、痹证也有声有色。
    针灸科学术力量雄厚，拥有教授、正主任医师9名，拥有研究生导师4名。贺普仁教授，从事针灸临床工作60多年，是国家级名老中医、著名针灸学家，国家级非物质文化遗产继承人，中国针灸学会终身高级顾问，北京针灸学会会长，以火针饮誉针灸界。周德安教授，国家级名老中医，北京针灸学会副会长，提出了针灸“治神十法”等学术思想。目前针灸科学术、学科带头人声誉较高，人才形成梯队，博士、硕士等高学历占到1/4。近年来，针灸科主持和参加了省部级科研课题10余项。